Après une infection, tout l'écosystème peut-il changer ?

IntroductionQuand on parle de microbiote, on pense aux bactéries. L'intestin abrite pourtant aussi des virus, des champignons et parfois des vers, qui s'influencent entre eux. Après une infection, une question se pose : l'équilibre de tout cet ensemble peut-il changer, et pour combien de temps ?

Le microbiote ne se limite pas aux bactéries

L'intestin héberge des bactéries, mais aussi des virus, des champignons et, selon les régions du monde, des helminthes, qui interagissent entre eux et avec l'hôte.

Le mot « microbiote » évoque d'abord des bactéries, parce qu'elles sont les plus nombreuses et les mieux étudiées. Les revues rappellent pourtant que l'intestin héberge aussi un virome (les virus, dont les bactériophages), un mycobiote (les champignons), des archées et, selon les régions, des helminthes^{[1], [2]}. Les champignons sont bien moins nombreux que les bactéries, mais ils participent à l'équilibre de l'ensemble^[3].

Ces communautés ne vivent pas côte à côte sans se toucher. Une revue décrit trois voies d'influence : le contact direct, les molécules sécrétées (les métabolites) et la modulation de l'immunité de l'hôte^[2]. Ce troisième maillon fait de l'hôte un point de rencontre possible entre des communautés qui ne se croisent pas autrement.

La plupart de ces travaux sont des revues, des études animales ou des études d'association. Ce schéma est un cadre de lecture : rien ne prouve que chaque flèche existe chez chaque personne. Pour un panorama plus large du sujet, le hub microbiote rassemble nos autres articles.

Après une infection : ce que les cohortes ont mesuré

Chez des patients hospitalisés pour Covid-19, la diversité des champignons de l'intestin est plus basse que chez des témoins en phase aiguë, puis devient comparable vers six mois, alors que les bactéries peuvent rester modifiées plus longtemps.

Le Covid-19 permet de comparer des patients et des témoins, au fil du temps. Dans une première cohorte (40 patients sévères, 38 légers et 30 témoins recrutés), la diversité du mycobiote était plus basse chez les patients que chez les témoins (35 sévères, 31 légers et 24 témoins analysés pour les champignons), avec des profils dominés par Candida albicans chez certains. Environ six mois après la sortie, le mycobiote avait retrouvé sa diversité chez les 10 patients sévères réévalués, mais l'altération du microbiote bactérien persistait^[10].

Une cohorte prospective (34 patients et 36 témoins analysés, alors que le résumé de l'article annonce 46 et 37), suivie jusqu'à deux ans, décrit la même trajectoire : richesse fongique plus basse en phase aiguë, comparable à celle des témoins après six mois^[11]. À deux ans, chez les 15 patients encore évalués, certaines abondances fongiques étaient corrélées à des mesures de fonction respiratoire, alors que la fonction pulmonaire restait globalement préservée. Ce lien reste une association exploratoire dans un petit groupe, sensible aux abandons de suivi et aux comparaisons multiples.

Pour les symptômes prolongés, une cohorte de 106 patients et 68 témoins (258 échantillons de selles) rapporte que 76 % des patients présentaient un syndrome post-aigu de la Covid-19 à six mois, avec surtout de la fatigue, des troubles de mémoire et une perte de cheveux (définition large : au moins un symptôme persistant quatre semaines après la clairance du virus, donc pas équivalente au Covid long tel que défini cliniquement)^[12].

Le microbiote à l'admission était associé à la survenue de ces symptômes, et les patients sans symptômes persistants avaient un microbiote revenu à un profil comparable à celui des témoins^[12].

Un écosystème qui change est-il pour autant un écosystème malade ? Rien dans ces cohortes ne permet de l'affirmer : elles décrivent des différences de composition et ne démontrent aucun mécanisme de maladie.

Un travail va plus loin dans le mécanisme. Chez des patients ayant eu une forme sévère et un excès intestinal de Candida, les progéniteurs des neutrophiles (des cellules de la moelle osseuse qui fabriquent ces globules blancs) étaient reprogrammés jusqu'à un an. Chez des souris infectées par le SARS-CoV-2 et colonisées par des souches de Candida albicans de patients, l'excès de neutrophiles dans le poumon était en partie corrigé par un antifongique ou par un blocage du récepteur de l'interleukine 6^[13].

Ce résultat porte sur des souris et ne valide aucun traitement antifongique chez l'humain ; le blocage du récepteur de l'interleukine 6 relève d'un médicament hospitalier. Ces patients avaient une forme sévère : le résultat ne s'étend pas à un Covid long après une forme légère. Notre article sur les infections passées et le risque de Covid long détaille cette piste.

Les helminthes, troisième acteur selon les régions

Là où ils sont présents, les vers intestinaux sont associés à un microbiote bactérien plus diversifié et modulent l'inflammation, avec des effets variables selon l'infection.

Une revue systématique avec méta-analyse (19 publications retenues sur 3 466 résultats identifiés) conclut que l'infection par des helminthes est associée à une diversité bactérienne et à une richesse microbienne plus élevées^[14]. L'effet reste faible : pour l'indice de Shannon (une mesure de diversité), l'écart standardisé est de 0,17, avec un intervalle de confiance à 95 % de 0,03 à 0,31, donc proche de zéro. Ces études ne portent que sur les bactéries, et plus de diversité ne signifie pas un meilleur état de santé.

Les helminthes agissent aussi sur l'immunité. Une revue systématique décrit un double rôle : ils pourraient atténuer l'inflammation excessive de certaines infections respiratoires virales (Covid-19, grippe, virus respiratoire syncytial), mais aggraver l'évolution de la plupart des infections bactériennes et de certaines infections virales du sang. Ses auteurs jugent les résultats inconsistants et dépendants du contexte^[15]. Une autre revue décrit des interactions dans les deux sens entre parasites et microbiote^[16].

Hors de l'intestin, le lien avec les bactéries va parfois jusqu'à la dépendance : les nématodes filaires tissulaires, responsables de l'onchocercose et de la filariose lymphatique, hébergent une bactérie intracellulaire, Wolbachia, indispensable à leur développement et à leur fertilité^[17]. Des essais de terrain ont testé, sous supervision médicale, des antibiotiques contre ces filarioses. Cet exemple illustre une symbiose entre règnes, sans documenter directement l'écosystème intestinal.

Un nouvel équilibre s'installe-t-il vraiment ?

L'idée qu'un écosystème perturbé puisse se stabiliser dans un nouvel état est plausible en écologie, mais aucune donnée ne la démontre après une infection virale.

En écologie, certains systèmes peuvent se stabiliser dans plusieurs états ; cette idée n'est pas démontrée pour le microbiote humain. La transplantation de microbiote fécal (le transfert de selles filtrées d'un donneur sain) dans l'infection récidivante à Clostridioides difficile, une bactérie responsable de diarrhées sévères après antibiotiques, montre qu'on peut déplacer un microbiote très appauvri. Chez 9 patients, il est passé d'un état pauvre en diversité, dominé par les Proteobacteria et les Bacilli, à un profil diversifié proche de celui des donneurs^[23]. Les changements persistaient pendant 10 semaines de suivi.

Dans une série clinique de 39 personnes atteintes d'infection récidivante à C. difficile, 82 % n'avaient pas de récidive à huit semaines (32 sur 39) après une procédure de transplantation fécale médicalement encadrée^[24]. Ce résultat ne fournit aucune conduite à tenir à domicile et n'est pas un taux de retour à la composition d'origine.

Ce modèle concerne pourtant une infection bactérienne, un traitement lourd et des bactéries : il ne se transpose pas à un Covid long. Les données post-Covid sont nuancées : les champignons retrouvent leur diversité en six mois^{[10], [11]}, mais dans la cohorte de Liu, les patients gardant des symptômes à six mois n'avaient pas retrouvé un microbiote bactérien comparable à celui des témoins^[12]. Il s'agit d'une association, pas d'une preuve qu'un état durable cause les symptômes.

Une revue recense des signaux d'amélioration de certains symptômes du syndrome post-aigu de la Covid-19 avec plusieurs stratégies microbiotiques ; les preuves varient fortement selon l'intervention (un essai randomisé portait sur un synbiotique précis, les données sur la transplantation fécale restent exploratoires)^[25]. Ces résultats sont préliminaires, obtenus avec des produits, des souches et des doses précis, et ne valent pas pour un probiotique du commerce (voir notre analyse de l'essai RECOVERY SIM01).

La transplantation fécale est un acte médical encadré, qui ne s'improvise pas, et les probiotiques demandent un avis médical en cas d'immunodépression ou de cathéter central. Une revue critique sur l'EM/SFC rappelle qu'aucune preuve n'établit que les changements du microbiote causent la maladie^[26].

Que faire de ces données ?

Ces données justifient la curiosité, pas un traitement : aucune ne permet de corriger soi-même un déséquilibre fongique ou viral supposé.

Un test de microbiote qui signale des levures ne diagnostique pas une maladie. Un test de microbiote par séquençage ne distingue pas toujours un champignon de passage d'un champignon installé^[9], et aucune étude citée ici ne montre qu'un traitement guidé par ce résultat améliore les symptômes.

Une infection fongique invasive est une maladie à part entière, diagnostiquée et traitée par des médecins. L'aspergillose pulmonaire associée à la Covid-19 en est un exemple, avec des critères de définition établis par consensus d'experts^[27]. C'est une maladie distincte d'une dysbiose supposée.

Ce qui est utile : noter les antibiotiques, antifongiques, corticoïdes et hospitalisations, avec leurs dates, ainsi que les symptômes qui suivent. Ce sont les informations qu'un soignant demandera pour interpréter une fatigue ou des troubles digestifs qui s'installent après une infection.

Si ces troubles persistent, en parler à un médecin reste la première étape : il écartera d'abord les causes courantes avant d'envisager le rôle du microbiote. Consultez sans attendre en cas de sang dans les selles, de fièvre, de perte de poids involontaire, de diarrhée persistante ou de déshydratation, ou sous traitement immunosuppresseur. Un examen de selles prescrit par un médecin pour un symptôme reste légitime.