Une carte de travail qui relie des mécanismes étudiés dans le Covid long. Elle rend visibles les hypothèses, les relations spéculatives et les limites du modèle au lieu de les confondre avec des faits établis.
Information, pas un avis médical. Cette carte résume des hypothèses de recherche. Elle ne recommande aucun traitement ni complément, ne permet pas de se situer soi-même et ne remplace pas l’avis d’un soignant.
Vue d’ensemble du réseau
Graphe interactif (replier) · glisser un nœud pour réorganiser
Réseau du modèle intégratif du Covid long
38 nœuds actifs et 85 relations dirigées. La taille de chaque nœud indique sa classe de maturité de preuve en quatre paliers, son remplissage le nombre d’articles myBoussole qui l’illustrent, sa couleur son rôle dans le réseau. Le répertoire HTML ci-dessous liste la même information de façon entièrement accessible, y compris sans JavaScript.
Glissez un nœud pour le réorganiser, cliquez dessus pour rejoindre sa fiche. Le répertoire HTML ci-dessous constitue la représentation complète et accessible du modèle, y compris sans JavaScript.
DéclencheurCarrefour mécanistiqueAmplificateurMaintien ou blocageCouche perceptiveModulateur de seuil
Légende des relations
Relation documentée · trait plein épais
Relation hypothétique · tirets longs
Relation spéculative · pointillés courts
Relation contestée · double tiret · résultats non consolidés
N=1, hypothèse à réfuter · motif tiret-point
La flèche indique le sens de la relation. L’amplification, l’inhibition ou l’incertitude est écrite dans chaque relation du répertoire. Les inhibitions documentées ou hypothétiques sont aussi affichées en vert dans le graphe.
38 nœuds actifs85 relations dirigées3 relations spéculatives3 relations contestées3 nœuds sans article illustratifMaturité de preuve : 9 consolidé · 14 étayé · 12 préliminaire · 3 exploratoireMesuré le 30/10/2026
Cadre de lecture · synthèse d’auteur, ni consensus, ni diagnostic, ni recommandation thérapeutique
Cette synthèse d’auteur n’est pas un consensus scientifique, un outil diagnostique ou une recommandation thérapeutique. Une relation mécanistique n’établit ni l’efficacité d’une intervention ni une causalité clinique. Le contenu individuel à l’origine de certaines hypothèses N=1 n’est pas publié.
Ce que la carte encode, et ce qu’elle n’encode pas
La taille d’un nœud
indique la maturité des données humaines disponibles en Covid long, en quatre paliers. C’est un classement d’auteur, arbitré à partir de dimensions vérifiables (donnée humaine, étude contrôlée, sens du résultat le plus solide, réplication) et lisible dans chaque fiche avec ses références. Ce n’est pas un score calculé, ni une note de qualité : il est révisable, et il l’a déjà été. Quatre paliers plutôt qu’une échelle continue, précisément parce qu’il n’y a rien à mesurer au dixième.
Le remplissage d’un nœud
indique combien d’articles myBoussole l’illustrent : plein pour dix articles ou plus, hachuré de un à neuf, vide et cerné de pointillés pour aucun. Ces seuils sont éditoriaux, sans aucune valeur scientifique. Un nœud vide n’est pas un sujet sans importance : c’est un sujet que ce site n’a pas encore traité, et c’est même souvent l’inverse d’un désintérêt.
La taille et le trait sont indépendants
la taille dit l’état des données sur un mécanisme, le trait dit l’état des données sur une relation entre deux mécanismes. Un mécanisme bien documenté peut n’être relié au reste du modèle que par des hypothèses. Exemple dans cette carte : N13 est classé consolidé et ses 5 relations sont toutes hypothétiques ou non consolidées.
Les compteurs
affichés en haut de page et dans chaque fiche sont dérivés des mêmes données que le graphe à chaque génération. Ils ne peuvent pas se désynchroniser de ce qui est affiché.
Ce que la carte ne couvre pas
elle porte sur le Covid long dans sa dimension systémique. Les séquelles d’organe documentées après une forme sévère (fibrose pulmonaire, atteinte rénale, séquelles cardiaques structurelles) relèvent d’autres modèles et ne figurent pas ici. L’absence d’un mécanisme n’est donc pas un jugement sur ce mécanisme.
Répertoire des nœuds
38 nœuds affichés
Aucun nœud ne correspond à ces filtres.
N1
Déclencheur
Persistance virale / fragments antigéniques
Spike et nucléocapside sont détectés dans les monocytes, l'intestin et le tissu cérébral. Réservoirs candidats : intestin, tissu lymphoïde, système nerveux central. Hypothèse du modèle : cette persistance serait…
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entretenue par une clairance immunitaire insuffisante (N32) plutôt qu'être un problème autonome. Un compartiment candidat supplémentaire est désigné depuis 2024, la lignée mégacaryocyte-plaquette (vers N14) : infection démontrée en Covid aigu sévère (Zhu 2022), signal exploratoire non publié en Covid long (CROI 2024). Deux communications de mai 2026 du même groupe portent sur ce compartiment ; leur nature documentaire et leurs données ne sont pas accessibles, aucun niveau de preuve n'en dépend (veille bibliographique).
Préliminairesignal humain peu contrôlé, non répliqué, contredit en direction, ou solide seulement dans une pathologie voisine
donnée humaine en Covid long : oui · étude contrôlée : oui · la plus solide est positive : non · répliquée : oui · discordance : amplitude
signal exploratoire non publié : marqueurs compatibles avec une persistance virale détectés dans la lignée mégacaryocyte-plaquette chez des patients Covid long, avec coexistence d'anomalies plaquettaires et de microcaillots dans la cohorte, sans association sujet par sujet démontrée
Niveau
hypothèse ; infection de la lignée mégacaryocyte-plaquette démontrée en Covid aigu sévère, signal exploratoire non publié et non répliqué indépendamment en Covid long
Source
Zhu 2022 (Cell Mol Life Sci, PMID 35708858) pour le Covid aigu sévère · abstract et poster CROI 2024 n° 347 (Bomsel, Salmon) pour le Covid long
Polymorphismes TLR7, FOXP3, ACE2/TMPRSS2. « HLA-DRB1*15:01 surreprésenté » a été retiré – Augusto 2023 (Nature) documente une association entre HLA-B*15:01 (pas DRB1*15:01) et une infection SARS-CoV-2 asymptomatique,…
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pas une susceptibilité au Covid long. Dimension sexe : TLR7 échappe partiellement à l'inactivation X chez les femmes (XX) → double dosage fonctionnel (Souyris 2018, Science Immunology) → détection ARN viral amplifié → réponse IFN-I plus forte mais clearance paradoxalement insuffisante. ERα exprimés sur mastocytes (axe œstrogène-mastocyte, Klein & Flanagan 2016) → seuil d'activation SAMA abaissé en phase oestrogénique. Ce mécanisme pourrait contribuer à certaines différences liées au sexe dans les réponses antivirales ; son rôle dans la prédominance féminine (3:1) du Covid long reste à établir, ce n'est plus présenté comme démontré. Granularité : N3 agrège TLR7, FOXP3/auto-immunité et la dimension sexe – trois variables distinctes. Sa polarité terrain masque le problème de signe, pas celui de granularité. Ses trois arêtes (→ N37, → N15, → N13) restent interprétables séparément, donc pas de scission immédiate.
Étayéau moins une étude humaine contrôlée positive, réplication encore limitée
donnée humaine en Covid long : oui · étude contrôlée : oui · la plus solide est positive : oui · répliquée : oui · discordance : amplitude
Classe abaissée d’un palier à la relecture du 30/10/2026 : les réserves de cette fiche (effectifs, réplication partielle, discordances) pèsent plus que ne le voit la règle de dérivation.
absorption intestinale du tryptophane réduite sous inflammation IFN-I (mesure de sérotonine plasmatique de Wong 2023 contestée méthodologiquement, 2024)
Niveau
contesté – critique méthodologique publiée en 2024 sur les concentrations plasmatiques de sérotonine rapportées
Source
Références indiquées dans les fiches des nœuds reliés.
État de sensibilisation distinct d'une activation microgliale constitutive : après un premier stimulus, la microglie peut conserver un seuil de réponse abaissé et produire une réponse inflammatoire amplifiée lors d'un…
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second stimulus. Le priming expérimental associe notamment ↑ MHC-II/TLR, préparation de l'axe NF-κB–NLRP3/pro-IL-1β et diminution de signaux homéostatiques neuronaux tels que CX3CL1–CX3CR1 et CD200–CD200R. HMGB1 constitue un DAMP capable de participer à ce priming, notamment via NLRP3. Une partie de cette persistance peut relever d'une mémoire immunitaire innée avec reprogrammation épigénétique. Selon la nature, la dose et la répétition du premier stimulus, cette mémoire peut conduire soit à un training (réponse ultérieure amplifiée), soit à une tolérance (réponse diminuée). Dans le Covid long, l'activation/neuroinflammation microgliale dispose de signaux humains, mais la démonstration d'un état de priming durable avec réponse exagérée à un second hit reste indirecte. Boucles du modèle : DAMP mitochondriaux/mtDNA → TLR9–NLRP3 ; inflammation périphérique, LPS, stress et polluants → sensibilisation ; glutamate + ROS → excitotoxicité → nouveaux DAMP → re-stimulation.
Préliminairesignal humain peu contrôlé, non répliqué, contredit en direction, ou solide seulement dans une pathologie voisine
donnée humaine en Covid long : oui · étude contrôlée : oui · la plus solide est positive : non · répliquée : non · discordance : amplitude
inflammation périphérique répétée → reprogrammation épigénétique de la microglie → mémoire immunitaire innée ; selon le contexte, training avec réponse amplifiée ou tolérance lors d'un stimulus ultérieur
Niveau
démontré chez l'animal ; extrapolation au Covid long
stress → libération de HMGB1 et augmentation de NLRP3 → sensibilisation microgliale → réponse pro-inflammatoire amplifiée à un second stimulus immunitaire
Niveau
mécanisme causal démontré chez l'animal ; extrapolation humaine/Covid long
Source
Weber et al., J Neurosci 2015 – PMID 25568124 · Frank et al., Brain Behav Immun 2016 – PMID 26482581
compliance veineuse accrue et hypothèse de fragilité des gaines nerveuses (mécanisme moléculaire non établi pour le SEDh) → dysautonomie plus fréquente sur ce terrain
Une altération du métabolisme énergétique pourrait modifier l'homéostasie glutamate/GABA par plusieurs mécanismes (fonctionnement astrocytaire, gradients ioniques, recapture du glutamate, disponibilité métabolique des…
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précurseurs), sans que la conversion glutamate → GABA par la GAD (dépendante du PLP, la forme active de la vitamine B6 – le zinc n'est pas un cofacteur de la GAD) soit spécifiquement démontrée comme ralentie par ce déficit dans le Covid long.
Étayéau moins une étude humaine contrôlée positive, réplication encore limitée
donnée humaine en Covid long : oui · étude contrôlée : oui · la plus solide est positive : oui · répliquée : non · discordance : amplitude
Xie 2013 documente la physiologie générale souris (sommeil lent profond ↔ clairance glymphatique accrue), pas une réduction du N3/REM, une déficience en GH ni une réparation mitochondriale altérée spécifiques au Covid…
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long. Trois niveaux à distinguer : constaté dans le Covid long (architecture du sommeil, si des polysomnographies spécifiques le montrent – non établi ici) ; physiologie générale (sommeil lent et flux glymphatique, souris) ; hypothèse Covid long (une altération glymphatique secondaire à la neuroinflammation/AQP4 pourrait réduire la sécrétion de GH nocturne et la réparation mitochondriale, non démontré chez l'humain).
Étayéau moins une étude humaine contrôlée positive, réplication encore limitée
donnée humaine en Covid long : oui · étude contrôlée : oui · la plus solide est positive : oui · répliquée : non · discordance : amplitude
le trouble du sommeil s’accompagne de taux abaissés de médiateurs pro-résolution. Mesuré DANS le Covid long : 17-HDHA, RvD1, LXB4 et PD1 plus bas chez les participants à forte perturbation du sommeil, avec PGE2 plus élevée
NLRP3 + N15 (mastocytes). Boucle fermée : N11 → mtDNA-DAMP → N6 → ROS → N11. Cette voie auto-entretient la neuroinflammation sans persistance virale. Drain PARP1/NAD+ : en contexte inflammatoire, les dommages oxydatifs à l'ADN activent massivement PARP1 → clivage du NAD+ cytoplasmique et nucléaire en nicotinamide + ADP-ribose. Conséquences : (1) complexe I sous-alimenté en NAD+ → ATP↓ → adénosine↑ ; (2) SIRT1/SIRT3 en déficit de substrat → PGC-1α non déacétylé → biogenèse mitochondriale freinée ; (3) cercle vicieux inflammatoire : inflammation → PARP1 → NAD+↓ → ATP↓ → capacité de résolution inflammatoire↓ → inflammation persistante. La nicotinamide est à la fois le produit de l'activité PARP (libéré lors du clivage) et le précurseur de sa resynthèse (voie NAMPT). La créatine tamponne l'ATP indépendamment du NAD+ → les deux sont synergiques.
Étayéau moins une étude humaine contrôlée positive, réplication encore limitée
donnée humaine en Covid long : oui · étude contrôlée : oui · la plus solide est positive : oui · répliquée : non · discordance : amplitude
Les microthrombi amyloïdes résistants à la fibrinolyse (Pretorius) sont la conséquence visible ; le mécanisme est une boucle endothélium ↔ plaquettes ↔ NETs ↔ fibrine ↔ hypofibrinolyse. Activation plaquettaire et…
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agrégats monocytes-plaquettes retrouvés en protéomique longitudinale (Cervia-Hasler 2024). Conséquence : microperfusion altérée, hypoxie tissulaire – mais voir N34 : l’extraction périphérique d’O2 peut être abaissée à débit conservé.
Consolidéplusieurs études humaines contrôlées en Covid long, concordantes et répliquées
donnée humaine en Covid long : oui · étude contrôlée : oui · la plus solide est positive : oui · répliquée : oui · discordance : amplitude
hyperactivation plaquettaire et thrombopénie → stockage sérotoninergique diminué (mesure de sérotonine plasmatique de Wong 2023 contestée méthodologiquement, 2024)
Niveau
contesté – critique méthodologique publiée en 2024 sur les concentrations plasmatiques de sérotonine rapportées
Source
Références indiquées dans les fiches des nœuds reliés.
signal exploratoire non publié : marqueurs compatibles avec une persistance virale détectés dans la lignée mégacaryocyte-plaquette chez des patients Covid long, avec coexistence d'anomalies plaquettaires et de microcaillots dans la cohorte, sans association sujet par sujet démontrée
Niveau
hypothèse ; infection de la lignée mégacaryocyte-plaquette démontrée en Covid aigu sévère, signal exploratoire non publié et non répliqué indépendamment en Covid long
Source
Zhu 2022 (Cell Mol Life Sci, PMID 35708858) pour le Covid aigu sévère · abstract et poster CROI 2024 n° 347 (Bomsel, Salmon) pour le Covid long
Histamine, tryptase et prostaglandines participent à la signalisation mastocytaire. Ce terrain est souvent préexistant à l'infection (MCAS). Le modèle explore l'hypothèse d'une dégradation intracellulaire de l'histamine…
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par HNMT, enzyme dépendante de la SAMe, qui serait moins efficace lorsque le pool de SAMe est sollicité par d'autres méthyltransférases (N25). Cette articulation reste une hypothèse mécanistique dont la transposition au Covid long n'est pas démontrée. Les mastocytes expriment des récepteurs capables de répondre à des DAMP mitochondriaux, mais une activation directe par l'ADN mitochondrial (N11) reste une hypothèse dont la transposition au Covid long n'est pas démontrée. Ce nœud ne contient aucune recommandation de traitement.
Préliminairesignal humain peu contrôlé, non répliqué, contredit en direction, ou solide seulement dans une pathologie voisine
donnée humaine en Covid long : oui · étude contrôlée : oui · la plus solide est positive : non · répliquée : non · discordance : direction
Exposome : pollution de l’air et statut nutritionnel
Pollution de l’air : sous-axe étayé, trois cohortes concordantes – cohorte de naissance BAMSE (753 jeunes adultes infectés, dont 116 avec Covid long ; aOR 1,28 [1,02–1,60] par écart interquartile de PM2.5, exposition…
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modélisée à l’adresse individuelle), plus une cohorte saoudienne (RR 1,32) et la cohorte chinoise YC-CALS (6 875 sujets, OR 1,78). Statut nutritionnel : une seule donnée humaine, dans une population très particulière – 834 patients hospitalisés en oncologie, un risque nutritionnel élevé (NRS ≥ 3) doublant la prévalence du syndrome post-Covid (AOR 2,37 [1,23–4,54]) ; transversal, non extrapolable en population générale. Trois sous-axes retirés faute de toute donnée humaine en Covid long : perturbateurs endocriniens, moisissures/mycotoxines et « alimentation pro-inflammatoire ». Mesuré le 10/09/2026 : sur 13 résultats croisant Covid long avec mycotoxines, moisissures, perturbateurs endocriniens, phtalates ou bisphénols, aucun ne mesure une exposition comme facteur de Covid long – les seuls résultats sont de l’emballage alimentaire, de la mucormycose invasive (une infection fongique, sans rapport avec l’exposition d’habitat) et l’ochratoxine A employée comme stimulus in vitro sur lignée microgliale. « Alimentation pro-inflammatoire » n’est documentée nulle part en Covid long : ce qui existe porte sur la DÉNUTRITION, ce qui n’est pas le même objet.
Étayéau moins une étude humaine contrôlée positive, réplication encore limitée
donnée humaine en Covid long : oui · étude contrôlée : oui · la plus solide est positive : oui · répliquée : oui
Classe abaissée d’un palier à la relecture du 30/10/2026 : les réserves de cette fiche (effectifs, réplication partielle, discordances) pèsent plus que ne le voit la règle de dérivation.
Le psychologique n'est pas la cause : c'est un nœud du réseau. Le stress chronique est associé, selon des hypothèses mécanistiques, à l'activation de l'axe HPA, du système sympathique, de la perméabilité intestinale et…
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de la microglie. Dans deux cohortes ayant mesuré la détresse psychologique avant l'infection, un risque plus élevé de Covid long est rapporté (risques relatifs d'environ 1,3 à 1,5). L'auto-déclaration, la colinéarité avec la santé perçue et le sommeil, et une cohorte observant le sens inverse imposent la prudence. Le sentiment de ne pas être cru par les soignants est décrit comme un facteur aggravant possible ; il n'est pas mesuré dans ce modèle.
Étayéau moins une étude humaine contrôlée positive, réplication encore limitée
donnée humaine en Covid long : oui · étude contrôlée : oui · la plus solide est positive : oui · répliquée : oui · discordance : amplitude
Classe abaissée d’un palier à la relecture du 30/10/2026 : les réserves de cette fiche (effectifs, réplication partielle, discordances) pèsent plus que ne le voit la règle de dérivation.
stress → libération de HMGB1 et augmentation de NLRP3 → sensibilisation microgliale → réponse pro-inflammatoire amplifiée à un second stimulus immunitaire
Niveau
mécanisme causal démontré chez l'animal ; extrapolation humaine/Covid long
Source
Weber et al., J Neurosci 2015 – PMID 25568124 · Frank et al., Brain Behav Immun 2016 – PMID 26482581
TSA, TDAH, HPI. Connectivité amygdalienne atypique, système nerveux autonome plus réactif, seuil sensoriel plus bas : des associations sont décrites, la causalité n'est pas établie. Hypothèse du modèle : un terrain…
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neuroatypique, présent avant l'infection, pourrait abaisser le seuil d'entrée dans la boucle inflammatoire. Ce n'est pas une conséquence du Covid long, ni un facteur de risque établi, ni une grille pour se situer soi-même.
Préliminairesignal humain peu contrôlé, non répliqué, contredit en direction, ou solide seulement dans une pathologie voisine
donnée humaine en Covid long : oui · étude contrôlée : non · la plus solide est positive : non · répliquée : non
Axe retenu, IDO1/kynurénine : méta-analyse 2024 de 14 études, 480 Covid long contre 687 témoins – ratio KYN/TRP augmenté (SMD 0,755 [0,119–1,392]), tryptophane abaissé (SMD −0,520 [−0,793 ; −0,246]), kynurénine…
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augmentée après imputation des études manquantes (SMD 1,176 [0,474–1,877]). Concordant avec un cas-témoins de 66 Covid long contre 302 donneurs de sang (kynurénine plasmatique 8,77 ± 1,72 contre 2,79 ± 0,61 µM) et avec une activité IDO2 prolongée dans les PBMC de patients PASC. Limites à citer AVEC le résultat : la borne basse de l'intervalle du ratio KYN/TRP frôle zéro (0,119), la hausse de kynurénine ne devient significative qu'après correction du biais de publication, et une étude pilote urinaire (25 contre 8) trouve au contraire un rapport kynurénine/tryptophane ABAISSÉ chez les patients fatigués – matrice et comparaison différentes, donc pas une discordance de direction sur le même paramètre, mais à ne pas taire. Sous-axe sérotonine périphérique, SORTI de l'intitulé : Wong 2023 (Cell) documentait absorption intestinale réduite du tryptophane (↔ N4), stockage plaquettaire diminué (↔ N14) et turnover MAO augmenté, avec activité vagale réduite (→ N22) ; une critique méthodologique de 2024 juge ses concentrations plasmatiques de sérotonine 30 à 60 fois trop élevées pour du plasma déplété en plaquettes, et un cas-témoins indépendant (34 PASC contre 14 témoins, LC-MS/MS) ne retrouve AUCUNE baisse de sérotonine sérique. Les trois arêtes correspondantes sont CONSERVÉES avec le statut « contesté » : retirer une réfutation reviendrait à effacer ce qui a été appris. Acide quinolinique (excitotoxicité NMDA) et consommation de NAD+ restent décrits comme des conséquences plausibles de la dérivation du tryptophane, non mesurées comme telles en Covid long. Mise à jour 24/09/2026, sous-axe sérotonine : un signal indépendant de baisse de 5-HT périphérique a été rapporté au CROI 2024, mais il reste non publié, sur de petits sous-effectifs, et avec un compartiment de dosage incohérent entre méthodes et résultats. L'« activité TPH1 » rapportée correspond au ratio 5-HT/Trp, non à un dosage enzymatique. Ce signal ne lève donc PAS le statut contesté de l'axe sérotoninergique, compte tenu également de la non-réplication publiée.
Étayéau moins une étude humaine contrôlée positive, réplication encore limitée
donnée humaine en Covid long : oui · étude contrôlée : oui · la plus solide est positive : oui · répliquée : oui · discordance : amplitude
Classe abaissée d’un palier à la relecture du 30/10/2026 : les réserves de cette fiche (effectifs, réplication partielle, discordances) pèsent plus que ne le voit la règle de dérivation.
absorption intestinale du tryptophane réduite sous inflammation IFN-I (mesure de sérotonine plasmatique de Wong 2023 contestée méthodologiquement, 2024)
Niveau
contesté – critique méthodologique publiée en 2024 sur les concentrations plasmatiques de sérotonine rapportées
Source
Références indiquées dans les fiches des nœuds reliés.
hyperactivation plaquettaire et thrombopénie → stockage sérotoninergique diminué (mesure de sérotonine plasmatique de Wong 2023 contestée méthodologiquement, 2024)
Niveau
contesté – critique méthodologique publiée en 2024 sur les concentrations plasmatiques de sérotonine rapportées
Source
Références indiquées dans les fiches des nœuds reliés.
Hypothèse proposée : spike se lierait aux nAChR α7 → chute du tonus vagal, réduction de l'ACh, inflammation non freinée. Une étude expérimentale directe (PNAS, 2022) n'a retrouvé ni compétition significative de Spike/S1…
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avec le site orthostérique de α7-nAChR, ni effet clair de S1 sur les courants α7 : l'hypothèse centrale a reçu un test expérimental négatif et ne doit pas être lue comme un mécanisme établi.
Exploratoireanimal, in vitro ou plausibilité mécanistique : aucune donnée humaine en Covid long
donnée humaine en Covid long : non · étude contrôlée : non · la plus solide est positive : non · répliquée : non · discordance : direction
activation de la voie cholinergique anti-inflammatoire → α7 sur macrophages → inhibition de NF-κB et de la production cytokinique innée. Démonstration causale animale : la stimulation optogénétique des neurones cholinergiques du noyau moteur dorsal du vague réduit l’inflammation ; vagotomie ou antagoniste nicotinique abolissent l’effet
Axe retenu, stress oxydatif systémique : trois études contrôlées concordantes en direction, par trois paramètres et trois méthodes différents. Lymphocytes de 20 Covid long, 27 EM/SFC et 25 témoins : ROS élevés (surtout…
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dans le compartiment mémoire), SOD mitochondriale abaissée, dommage lipidique médié par GPX4, tendances sexe-spécifiques. Thiols libres sériques abaissés chez 135 sujets non hospitalisés contre 82 témoins (p=0,041), leur trajectoire sur 12 mois étant associée au syndrome post-Covid à 18 mois. Peroxydation lipidique (TBARS) élevée avec activités GPx et SOD abaissées 12 mois après l'infection, chez 92 femmes réparties en groupes contrôlés. Concordance de direction, donc, mais PAS réplication au sens strict : aucun de ces travaux ne mesure le même paramètre par la même méthode. Sous-axe « glutathion déplété », ÉCARTÉ : la seule mesure contrôlée disponible en Covid long trouve le glutathion AUGMENTÉ, pas déplété (Shankar 2025, PNAS). Réserve : Cette direction ne confirme pas l’hypothèse habituelle sur cet axe. Polymorphismes MTHFR/CBS et homocystéine comme marqueur proxy : sortis de ce nœud, non pas réfutés mais NON INSTRUITS – la recherche du 10/09/2026 rend 94 résultats croisant Covid long avec MTHFR, homocystéine ou glutathion, qui n'ont pas été lus. Ils relèvent du nœud N25 (méthylation) tant que cette lecture n'est pas faite.
Étayéau moins une étude humaine contrôlée positive, réplication encore limitée
donnée humaine en Covid long : oui · étude contrôlée : oui · la plus solide est positive : oui · répliquée : non · discordance : amplitude
SNC amplifie les signaux nociceptifs. Excès glutamate + microglie spinale + NPF + perte contrôle inhibiteur descendant. Ce nœud n’a aucune relation sortante dans le modèle. Effecteur de perception/amplification…
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symptomatique, sans obligation de rétroagir biologiquement sur l’amont. Réserve : La causalité de la « sensibilisation centrale » dans la douleur chronique humaine est nettement moins établie que l’usage courant du terme ne le laisse entendre : aucune arête sortante ne sera ajoutée sans preuve spécifique.
Étayéau moins une étude humaine contrôlée positive, réplication encore limitée
donnée humaine en Covid long : oui · étude contrôlée : oui · la plus solide est positive : oui · répliquée : non · discordance : amplitude
Cycle SAMe/SAH. SARS-CoV-2 pourrait accélérer le vieillissement épigénétique (Horvath, Cao 2022). Le variant MTHFR C677T est associé à une méthylation ralentie. Le pool de SAMe est partagé entre plusieurs…
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méthyltransférases : COMT (catécholamines), HNMT (histamine), PNMT (noradrénaline vers adrénaline), ASMT (mélatonine) et GNMT. Une synthèse de SAMe ralentie par un stress énergétique mitochondrial (N11) pourrait les affecter simultanément ; cette compétition reste une hypothèse mécanistique dont la transposition au Covid long n'est pas démontrée. Un déficit de sérotonine (N19) pourrait lever un frein exercé sur les mastocytes (N15). Ce nœud ne contient aucune recommandation de supplémentation.
Étayéau moins une étude humaine contrôlée positive, réplication encore limitée
donnée humaine en Covid long : oui · étude contrôlée : oui · la plus solide est positive : oui · répliquée : non
Cadre théorique du codage prédictif : des signaux physiologiques réels peuvent devenir une expérience symptomatique selon la façon dont le cerveau les interprète. Ce n'est pas du psychosomatique. Aucune donnée en Covid…
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long ne valide ce cadre à ce jour, et ses deux relations sont spéculatives. Ce nœud est en aval des perturbations biologiques et ne doit jamais être lu comme suggérant une origine psychogène.
Exploratoireanimal, in vitro ou plausibilité mécanistique : aucune donnée humaine en Covid long
donnée humaine en Covid long : non · étude contrôlée : non · la plus solide est positive : non · répliquée : non
hypoperfusion. La dysfonction vasculaire persistante est mesurée chez l’humain (Sykes 2023, 27 patients post-Covid contre 10 témoins, artères de résistance sous-cutanées : vasoconstriction accrue, vasorelaxation endothélium-indépendante réduite, fibrose vasculaire, différence abolie par un inhibiteur de Rho-kinase). Le mécanisme documenté passe par RhoA/Rho-kinase et la phosphorylation de la chaîne légère de myosine, pas par le NO seul. Deux sous-axes retirés : le glycocalyx a été mesuré directement en post-Covid (Azar 2024, 44 patients, GlycoCheck) et les auteurs rattachent les lésions à l’atteinte microvasculaire plutôt qu’à une anomalie persistante du glycocalyx ; l’endothéline-1 n’a aucune donnée humaine de persistance retrouvée en Covid long, Semenova 2024 documentant au contraire une baisse des endothélines à 12 mois (seul appui d’une ET-1 délétère : modèle hamster, Au 2024). Sous-axe conservé : la raréfaction capillaire est mesurée, mais dans le lit rétinien seulement, sur une cohorte monocentrique de patients symptomatiques oculaires (Azar 2024).
Étayéau moins une étude humaine contrôlée positive, réplication encore limitée
donnée humaine en Covid long : oui · étude contrôlée : oui · la plus solide est positive : oui · répliquée : oui · discordance : amplitude
Classe abaissée d’un palier à la relecture du 30/10/2026 : les réserves de cette fiche (effectifs, réplication partielle, discordances) pèsent plus que ne le voit la règle de dérivation.
Xie 2013 (souris) soutient la physiologie générale sommeil–glymphatique (aquaporine-4 astrocytaire, clairance maximale en sommeil lent profond), pas l'existence d'une dysfonction glymphatique démontrée dans le Covid…
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long. Hypothèse Covid long, non démontrée : la neuroinflammation rendrait les astrocytes réactifs → AQP4 délocalisée → clearance réduite.
Préliminairesignal humain peu contrôlé, non répliqué, contredit en direction, ou solide seulement dans une pathologie voisine
donnée humaine en Covid long : oui · étude contrôlée : oui · la plus solide est positive : oui · répliquée : oui · discordance : direction
le trouble du sommeil s’accompagne de taux abaissés de médiateurs pro-résolution. Mesuré DANS le Covid long : 17-HDHA, RvD1, LXB4 et PD1 plus bas chez les participants à forte perturbation du sommeil, avec PGE2 plus élevée
Hypermobilité / propriétés biomécaniques du tissu conjonctif – terrain préexistant
« collagène déficient » n'est pas établi pour le syndrome d'Ehlers-Danlos hypermobile (SEDh) – son étiologie moléculaire reste inconnue, et les anciennes associations avec des variants du collagène n'ont pas été…
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reproduites de façon robuste (c'est défendable pour certains SED génétiquement définis affectant directement le collagène ou sa maturation, pas pour le SEDh). Une augmentation de la compliance veineuse et d'autres propriétés biomécaniques du tissu conjonctif pourraient contribuer à l'intolérance orthostatique chez certains patients. Terrain préexistant : fait partie du cluster prédisposant avec N18 + N15. L'hypermobilité n'est pas une conséquence du Covid long – c'est un facteur amplifiant pré-existant ; l'affirmation d'une fragilisation structurelle de « tous les tissus barrières » a été retirée faute de documentation spécifique au SEDh.
Étayéau moins une étude humaine contrôlée positive, réplication encore limitée
donnée humaine en Covid long : oui · étude contrôlée : oui · la plus solide est positive : oui · répliquée : oui
Classe abaissée d’un palier à la relecture du 30/10/2026 : les réserves de cette fiche (effectifs, réplication partielle, discordances) pèsent plus que ne le voit la règle de dérivation.
compliance veineuse accrue et hypothèse de fragilité des gaines nerveuses (mécanisme moléculaire non établi pour le SEDh) → dysautonomie plus fréquente sur ce terrain
Déficit de clairance / épuisement immunitaire adaptatif
Ce nœud décrit le bras adaptatif épuisé : lymphopénie T, expression de PD-1/TIM-3, signal IFN-I perturbé et clairance antigénique insuffisante. Le modèle le distingue du bras inné hyperréactif N37. Il formule…
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l'hypothèse que la persistance virale serait la conséquence d'une clairance insuffisante. Sa centralité est une hypothèse causale d'auteur, pas une propriété topologique : le carrefour topologique du graphe est N6. Aucune conclusion thérapeutique n'en découle.
Préliminairesignal humain peu contrôlé, non répliqué, contredit en direction, ou solide seulement dans une pathologie voisine
donnée humaine en Covid long : oui · étude contrôlée : oui · la plus solide est positive : oui · répliquée : oui · discordance : direction
N8 décrit la régulation neurovégétative ; il ne dit rien du volume circulant . Deux phénomènes distincts sont aujourd’hui fusionnés sous « dysautonomie » : la commande autonome, et l’incapacité à maintenir remplissage…
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vasculaire et retour veineux. L’iCPET identifie un endotype d’insuffisance de précharge ( preload failure ), bien documenté dans l’EM/SFC (Systrom). L’hypovolémie est le phénotype final, pas le mécanisme : d’où l’intitulé. Réserve : Niveau de preuve inégal : l’endotype précharge est mesuré ; le volet RAAS (ACE/ACE2/AngII/Ang1-7 persistants après infection) reste une hypothèse publiée mais non mesurée : les deux articles qui la portent se déclarent eux-mêmes comme des hypothèses appelant une vérification expérimentale (König 2023, Sideratou 2024), et aucune étude retrouvée ne mesure ces médiateurs chez des patients Covid long avec groupe témoin. En revanche la voie auto-immune du RAAS est mesurée : des auto-anticorps dirigés contre les récepteurs AT1/AT2 de l’angiotensine II sont associés aux altérations de variabilité de fréquence cardiaque, avec groupes témoins (Schmitz 2025). À noter : Singh 2021 trouve un index cardiaque de pointe préservé dans le Covid long – la précharge n’y était pas la limite, voir N34.
Préliminairesignal humain peu contrôlé, non répliqué, contredit en direction, ou solide seulement dans une pathologie voisine
donnée humaine en Covid long : oui · étude contrôlée : oui · la plus solide est positive : oui · répliquée : non · discordance : direction
Le modèle passait directement de l’endothélium (N28) et des microthrombi (N14) aux mitochondries (N11). Il manquait le maillon intermédiaire : l’O2 arrive, mais son extraction périphérique est anormale. Singh 2021…
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(iCPET, 10 patients Covid long vs 10 témoins) : extraction systémique d’O2 à 0,49 ± 0,1 contre 0,78 ± 0,1 (p < 0,0001) à index cardiaque de pointe préservé – la limitation est périphérique, pas centrale. Leitner 2024 (n = 47) confirme, montre un effet dose-dépendant de la sévérité initiale et des gradients artério-veineux de succinate et de lactate à l’effort. Ce noeud explique pourquoi deux patients au même « essoufflement à l’effort » peuvent avoir des mécanismes opposés. Limites : n faibles, centre unique (Yale), examen invasif peu diffusé.
Consolidéplusieurs études humaines contrôlées en Covid long, concordantes et répliquées
donnée humaine en Covid long : oui · étude contrôlée : oui · la plus solide est positive : oui · répliquée : oui · discordance : amplitude
Muscle : métabolisme, lésion et réparation post-effort
N11 est bioénergétique ; il ne couvre pas le muscle comme organe. Appelman 2024 (cas-témoins, biopsies avant et après induction du PEM) : structure du muscle squelettique associée à une capacité d’effort réduite,…
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perturbations métaboliques locales et systémiques, myopathie d’effort sévère et infiltration de dépôts amyloïdes intramusculaires, le tout aggravé après PEM. Charlton 2024 (revue) ajoute un shift de type de fibres vers un phénotype glycolytique. Conséquence sur l’architecture : le PEM cesse d’être un reflet du seul déficit d’ATP et devient un comportement émergent de N11 + N23 + N28 + N34 + N35 + immunité. Réserve : Le dépôt amyloïde intramusculaire fait écho à N14 (microthrombi amyloïdes) : lien à instruire, non établi. Ce nœud n’a pas de relation sortante pour l’instant ; d’éventuelles rétroactions restent à rechercher – il est plausible qu’un muscle lésé produise DAMPs, ROS, métabolites ou signaux immunitaires capables de réalimenter le réseau, mais aucune arête N35 → amont ne sera créée tant qu’elle n’est pas documentée spécifiquement ou solidement transposable. Appelman montre des anomalies musculaires aggravées après induction du PEM ; cela ne démontre pas que le muscle lésé réactive N37, N6 ou N23.
Consolidéplusieurs études humaines contrôlées en Covid long, concordantes et répliquées
donnée humaine en Covid long : oui · étude contrôlée : oui · la plus solide est positive : oui · répliquée : oui · discordance : amplitude
Le complément n’est ni « l’inflammation » (N6) ni « le déficit immunitaire » (N32) : c’est une boucle autonome qui relie immunité, endothélium et coagulation. Cervia-Hasler 2024 (Science) – protéomique multimodale, plus…
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de 6500 protéines, 268 échantillons longitudinaux jusqu’à 12 mois : dérégulation du complément terminal et activation persistante des voies alterne et classique dans le Covid long actif, la voie classique étant associée à des titres d’anticorps augmentés contre plusieurs herpèsvirus (lien direct avec N2). Marqueurs d’hémolyse, de lésion tissulaire, d’activation plaquettaire et d’agrégats monocytes-plaquettes augmentés. Le machine learning de l’étude place les protéines du complément et thrombo-inflammatoires en tête des biomarqueurs. Limites : cohorte unique, sérique, pas d’essai d’inhibition du complément dans le Covid long.
Consolidéplusieurs études humaines contrôlées en Covid long, concordantes et répliquées
donnée humaine en Covid long : oui · étude contrôlée : oui · la plus solide est positive : oui · répliquée : oui · discordance : amplitude
Porte le bras inné hyperréactif que N32 contenait implicitement : TLR7, NLRP3, NK tonique, monocytes/macrophages, JAK-STAT, IFN et cytokines, microglie primée (N6) comme relais dans le SNC. Souvent préexistant (Terrain…
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préexistant : N18 + N31 + N15 + N3). C’est lui qui entretient la boucle inflammatoire pendant que N32 échoue à clarer. Le paradoxe « inflammation élevée + clairance insuffisante » devient lisible comme deux noeuds opposés plutôt que comme une contradiction interne à un seul noeud.
Consolidéplusieurs études humaines contrôlées en Covid long, concordantes et répliquées
donnée humaine en Covid long : oui · étude contrôlée : oui · la plus solide est positive : oui · répliquée : oui · discordance : amplitude
inflammation périphérique répétée → reprogrammation épigénétique de la microglie → mémoire immunitaire innée ; selon le contexte, training avec réponse amplifiée ou tolérance lors d'un stimulus ultérieur
Niveau
démontré chez l'animal ; extrapolation au Covid long
activation de la voie cholinergique anti-inflammatoire → α7 sur macrophages → inhibition de NF-κB et de la production cytokinique innée. Démonstration causale animale : la stimulation optogénétique des neurones cholinergiques du noyau moteur dorsal du vague réduit l’inflammation ; vagotomie ou antagoniste nicotinique abolissent l’effet
insuffisance du signal glucocorticoïde anti-inflammatoire (hypocortisolisme + rétrocontrôle négatif renforcé) → frein endogène affaibli sur l’inflammation innée. Signe « + » sans ambiguïté depuis que la variable de N38 mesure l’INSUFFISANCE du frein et non « le cortisol » : plus d’insuffisance → plus d’activation innée
Niveau
hypothèse étayée (méta-analyse ME/SFC, transposition Covid long non testée)
Dysrégulation HPA / insuffisance du signal glucocorticoïde anti-inflammatoire
Variable explicitement définie : sévérité de la dysrégulation de l’axe hypothalamo-hypophyso-surrénalien et de l’insuffisance du signal glucocorticoïde anti-inflammatoire . Elle augmente quand le frein endogène…
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faiblit. Méta-analyse ME/SFC (46 études cas-témoins, 1388 patients) : cortisol salivaire abaissé au réveil et le matin, cortisol urinaire des 24 h et cortisol capillaire abaissés, réponse à l’ACTH émoussée, suppression exagérée sous dexaméthasone – soit une disponibilité réduite du cortisol libre AVEC un rétrocontrôle négatif renforcé. Cortisol plus bas également rapporté dans le Covid long sur mesure transversale. Réserve : Point de méthode : le cortisol capillaire et l’urinaire des 24 h sont des intégrales insensibles à la phase ; leur abaissement indique une baisse de production réelle, et non un simple déphasage – ce qui contraint l’hypothèse de déphasage portée par N38 → N8. Le cortisol bas ne peut pas être présenté comme une caractéristique générale et univoque du Covid long. La méta-analyse ME/SFC ci-dessus documente un abaissement dans une population ME/SFC, pas Covid long spécifiquement ; des travaux transversaux sur le Covid long rapportent des résultats discordants, certains ne retrouvant pas de cortisol matinal abaissé en majorité. Réserve : Un chiffre précis de répartition (Covid long, taille d'échantillon, proportions normal/élevé/bas) circulait dans l'audit source de cette correction sans référence vérifiable : non retrouvé sur PubMed, non repris ici. À distinguer systématiquement : données EM/SFC vs Covid long, cortisol ponctuel vs dynamique circadienne (CAR), sensibilité du récepteur glucocorticoïde.
Préliminairesignal humain peu contrôlé, non répliqué, contredit en direction, ou solide seulement dans une pathologie voisine
donnée humaine en Covid long : oui · étude contrôlée : oui · la plus solide est positive : non · répliquée : non · discordance : direction
insuffisance du signal glucocorticoïde anti-inflammatoire (hypocortisolisme + rétrocontrôle négatif renforcé) → frein endogène affaibli sur l’inflammation innée. Signe « + » sans ambiguïté depuis que la variable de N38 mesure l’INSUFFISANCE du frein et non « le cortisol » : plus d’insuffisance → plus d’activation innée
Niveau
hypothèse étayée (méta-analyse ME/SFC, transposition Covid long non testée)
Dans un preprint Covid long neuropsychiatrique, Bergmann et al. rapportent une augmentation de quatre acides biliaires primaires conjugués (TCA, TCDCA, GCA, GCDCA) versus sujets guéris, avec direction concordante dans…
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une réanalyse indépendante d'INCOV. Dans l'EM/SFC, Xiong et al. ont au contraire rapporté une diminution du pool plasmatique d'acides biliaires. Ces résultats ne définissent donc pas une hausse ou une baisse universelle des acides biliaires dans les maladies post-infectieuses, mais soutiennent une dysrégulation de leur composition et/ou de leur métabolisme dont la direction dépend du contexte pathologique et des espèces mesurées. Bergmann 2026 : preprint non revu par les pairs. Réserve : L'association rapportée entre TCA/TCDCA et un score de fatigue (SF-36 Vitality) n'est pas reprise ici : elle porte apparemment sur la cohorte de référence de l'étude (témoins jamais infectés), pas sur une pente spécifique au groupe Covid long.
Préliminairesignal humain peu contrôlé, non répliqué, contredit en direction, ou solide seulement dans une pathologie voisine
donnée humaine en Covid long : non · étude contrôlée : oui · la plus solide est positive : oui · répliquée : non